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當(dāng)前位置:

高通量測(cè)序解決方案助力新冠病毒研究

 

2019年底突如其來(lái)的新型冠狀病毒,讓我們?cè)俅握J(rèn)識(shí)到了廣泛分布且種類繁多的病原微生物對(duì)人類的威脅。面對(duì)一場(chǎng)突如其來(lái)的疫情,既要采用科學(xué)的手段快速發(fā)現(xiàn)并認(rèn)識(shí)病原微生物,同時(shí)也要基于科學(xué)的認(rèn)識(shí)制定可行的臨床檢測(cè)和治療方案。新興的高通量基因測(cè)序技術(shù)通過(guò)直接對(duì)病毒基因組進(jìn)行全面分析,對(duì)于2019-nCoV的首先確認(rèn)、動(dòng)態(tài)分析、進(jìn)化來(lái)源以及致病機(jī)制、傳播途徑研究等具備了無(wú)可比擬的優(yōu)勢(shì)。

作為分子生物學(xué)領(lǐng)域的行業(yè)領(lǐng)導(dǎo)者,QIAGEN旗下多款經(jīng)典病毒核酸純化試劑盒就以其回收率高、核酸純度高、多樣本兼容性的優(yōu)勢(shì)在2019-nCoV實(shí)驗(yàn)檢測(cè)環(huán)節(jié)中 做好準(zhǔn)備。同時(shí)QIAGEN提供了基于不同技術(shù)和方法的檢測(cè)方案,包括高通量測(cè)序技術(shù)方案。

 

 

除了新型冠狀病毒外,近年來(lái)造成人類感染的病原微生物也日益復(fù)雜,同時(shí)抗菌藥物濫用與細(xì)菌耐藥已成為全球關(guān)注的焦點(diǎn)。如今,高通量測(cè)序已經(jīng)迅速成為臨床實(shí)驗(yàn)室的重要檢測(cè)平臺(tái),延展并提高了經(jīng)典微生物方法的檢測(cè)能力,

 

病毒核酸全轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增

實(shí)際的檢測(cè)過(guò)程中可能拿到的并非都是最佳樣本,如來(lái)自上呼吸道的咽拭子就因其自身病毒含量低而極易造成檢測(cè)假陰性。面對(duì)這樣的現(xiàn)實(shí)困境,我們?cè)谔岣吆怂岙a(chǎn)量、質(zhì)量的同時(shí),也可以借助 “全轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增技(WTA)”技術(shù)對(duì)核酸進(jìn)行均等的放大,解決樣本量不足的難題。

基于QIAGEN充分優(yōu)化改良的 “多重置換擴(kuò)增(MDA)”技術(shù),REPLI-g WTA Single Cell能夠針對(duì)單個(gè)細(xì)胞或pg級(jí)純化RNA進(jìn)行快速的全轉(zhuǎn)錄組擴(kuò)增。區(qū)別于傳統(tǒng)PCR類擴(kuò)增方法,REPLI-g可在等溫條件下進(jìn)行均等、高保真的高靈敏度擴(kuò)增,雙鏈cDNA產(chǎn)物非常適用于下游進(jìn)行高通量測(cè)序(二代或三代測(cè)序)、PCR等方法檢測(cè),也多次被運(yùn)用于類似疫情的檢測(cè)方案中,如在2014年西非埃博拉病毒以及2016年中國(guó)南方的寨卡病毒疫情方案中,來(lái)自中國(guó)疾控中心、廣東省疾控中心等單位的研究人員就已將REPLI-g應(yīng)用在對(duì)抗疫情的實(shí)戰(zhàn)中。

人源等宿主rRNA去除

疫情檢測(cè)所采用的樣本絕大多數(shù)來(lái)自呼吸道、血液等,純化后的核酸產(chǎn)物中還存在著大量的人源RNA,占用大量數(shù)據(jù)的同時(shí)還會(huì)對(duì)結(jié)果的準(zhǔn)確性產(chǎn)生潛在影響。通過(guò)對(duì)測(cè)序的結(jié)果進(jìn)行分析,我們可看到人源rRNA序列占比極高,因此我們可以通過(guò)去除人源rRNA等手段來(lái)部分解決這一問(wèn)題。此時(shí),又到了QIAseq FastSelect展現(xiàn)其真正實(shí)力的時(shí)候了!

借助獨(dú)特的“黑科技”,僅需通過(guò)簡(jiǎn)單的1步加樣以及一段程序性降溫孵育,無(wú)需任何純化步驟,便能在14分鐘內(nèi)完成樣品中人源或其他哺乳動(dòng)物來(lái)源rRNA的高效去除。這一過(guò)程可與REPLI-g WTA Single Cell Kit以及幾乎所有其他的逆轉(zhuǎn)錄試劑盒、RNA建庫(kù)試劑盒相兼容,在避免因多步純化而造成病毒核酸損失的同時(shí),還可極為快速地完成rRNA去除這一限速步驟。此外,如果在糞便、肛拭子等樣本中存在較多的細(xì)菌組分,我們也同樣可以利用QIAseq FastSelect 5S/16S/23S Kit結(jié)合QIAseq FastSelect HMR Kit在一步流程中同時(shí)完成全部細(xì)菌和宿主rRNA的去除,十分便捷。

產(chǎn)品名稱 ?????????貨號(hào)

QIAseq FastSelect -rRNA & -Globin HMR Kit???334386

NGS文庫(kù)構(gòu)建

在完成rRNA去除并對(duì)RNA進(jìn)行逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)(含二鏈合成)后,一款高效的建庫(kù)試劑盒是完成cDNA樣品文庫(kù)構(gòu)建的測(cè)序前關(guān)鍵步驟。KAPA?KK8514 DNA HyperPlus文庫(kù)構(gòu)建試劑盒

貨號(hào):KK8514,整合了DNA酶切片段化及文庫(kù)構(gòu)建步驟,所有反應(yīng)均在一管中完成。酶切片段化可以降低DNA末端損傷,尤其對(duì)于FFPE DNA更是如此。

 

 

貨號(hào) 產(chǎn)品名稱 規(guī)格

KK8514 KAPA DNA HyperPlus?文庫(kù)構(gòu)建試劑盒,含擴(kuò)增 96?次

KK8512 KAPA DNA HyperPlus?文庫(kù)構(gòu)建試劑盒,含擴(kuò)增 24次

KK8513 KAPA DNA HyperPlus?文庫(kù)構(gòu)建試劑盒,PCR-Free 24?次

KK8515 KAPA DNA HyperPlus?文庫(kù)構(gòu)建試劑盒,PCR-Free 96?次

 

過(guò)去幾周來(lái)自中國(guó)疾控等單位的科學(xué)家在其研究中也分別采用了QIAGEN樣本制備(QIAamp Viral RNA Mini Kit,貨號(hào):52904)等解決方案進(jìn)行了冠狀病毒的測(cè)序和基因組分析并相繼發(fā)表在國(guó)際頂尖雜志上。

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